Abstract#

Cytoscapeプラグインに不具合があり、原因究明に数時間を要したため、記録に残します。

Topics#

不具合の内容#

• 現象

depthの数字が増えていけばNodeの数も増えるはずなのに減る場合がある。

depth	Number of Nodes
2	22
3	126
4	190
5	176
6	181
10	299	10はむっちゃ時間がかかる
total	314

• データ分析

• • depth 4の時にMajor Leagueがないのはおかしい。
  • Major Leagueは、アメリカから呼び出されている。
  • アメリカは、KM_TOPから呼び出されている。
  • 4の時アメリカから3つしか伸びてない。
  • リンクはあるが、リンク先のノードがない。
  • 同じようにAndrew Air showもUS Election2008などもおかしい

• • アメリカは、KM_TOPからの呼び出しをチェックする際は、すでにノードが追加されていた。
  • Countriesから呼び出されているときにチェックされてる。

• • Countriesは、KM_TOP、Networking、InternationalStudentHouse、Japan Night、アメリカから呼び出されている。アメリカはないとして、それ以外の4つのどこから最初に呼び出されるか？Networkingっぽい

• 原因

Networking-Countries経由で呼び出されたときの”アメリカ”はKM_TOPから数えて4階層目にある。とするとそれ以上下の層にあるUS Election2008などのノードは調べないことになる。しかしあとで”アメリカ”はKM_TOPからも2階層目として呼び出される。その際はすでに1度呼び出されたあとなので、調べないことになる。ここがアルゴリズム上間違い。

リカーシブなメソッドを使っており、アルゴリズム上、全体を徐々に潜っていくのではなく、最初から行けるところまで潜る。これを考慮する必要があった。

• 対策

まだ呼び出されていないかどうか、（NodeSetに登録されていないかどうか）は、そのノードを調べる条件にせず、NodeSetに追加するための条件とする。