Abstract#
Cytoscapeプラグインに不具合があり、原因究明に数時間を要したため、記録に残します。Topics#
不具合の内容#
- 現象
| depthの数字が増えていけばNodeの数も増えるはずなのに減る場合がある。 |
| depth | Number of Nodes | |
| 2 | 22 | |
| 3 | 126 | |
| 4 | 190 | |
| 5 | 176 | |
| 6 | 181 | |
| 10 | 299 | 10はむっちゃ時間がかかる |
| total | 314 |
- データ分析
- depth 4の時にMajor Leagueがないのはおかしい。
- Major Leagueは、アメリカから呼び出されている。
- アメリカは、KM_TOPから呼び出されている。
- 4の時アメリカから3つしか伸びてない。
- リンクはあるが、リンク先のノードがない。
- 同じようにAndrew Air showもUS Election2008などもおかしい
- アメリカは、KM_TOPからの呼び出しをチェックする際は、すでにノードが追加されていた。
- Countriesから呼び出されているときにチェックされてる。
- Countriesは、KM_TOP、Networking、InternationalStudentHouse、Japan Night、アメリカから呼び出されている。アメリカはないとして、それ以外の4つのどこから最初に呼び出されるか？Networkingっぽい
- 原因
| Networking-Countries経由で呼び出されたときの”アメリカ”はKM_TOPから数えて4階層目にある。とするとそれ以上下の層にあるUS Election2008などのノードは調べないことになる。しかしあとで”アメリカ”はKM_TOPからも2階層目として呼び出される。その際はすでに1度呼び出されたあとなので、調べないことになる。ここがアルゴリズム上間違い。 |
| リカーシブなメソッドを使っており、アルゴリズム上、全体を徐々に潜っていくのではなく、最初から行けるところまで潜る。これを考慮する必要があった。 |
- 対策
| まだ呼び出されていないかどうか、（NodeSetに登録されていないかどうか）は、そのノードを調べる条件にせず、NodeSetに追加するための条件とする。 |
